وهو من الأقسام التي تهتم بالسيطرة على الأمراض الوبائية الخطيرة التي تصيب الصقور أو التي من الممكن أن تنتقل من الصقور إلى الإنسان، ويحتوي هذا القسم على عيادة خاصة به وغرفة العلاج بالرذاذ كما يحتوي على غرف صغيرة للحجر البيطري يمكن استخدام كل منها لصقر واحد بحيث لايمكن أن تنتقل الإصابة من هذا الصقر إلى بقية الصقور المقيمة في هذا القسم.
لقد وضعت مستشفى سوق واقف للصقور آلية دخول وخروج صارمة لهذا القسم بحيث تسيطر بشكل كامل على انتشار الأمراض حيث صممت ممرات آمنة تعمل على تعقيم وتطهير الأفراد والأدوات الطبية والمختبرية وغيرها.